Un estudio encuentra personas coinfectadas que portan dos linajes distintos de SARS-CoV-2 en Argentina

Un estudio encuentra personas coinfectadas que portan dos linajes distintos de SARS-CoV-2 en Argentina

En un estudio reciente publicado en el medRxiv* servidor de preimpresión, los investigadores utilizaron vigilancia molecular para identificar casos de coinfección con variantes preocupantes (COV) del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) que Delta y Omicron informaron en Argentina durante diciembre de 2021 y enero de 2022.

Estudio: Vigilancia genómica de SARS-CoV-2 permite identificar coinfecciones Delta/Omicron en Argentina. Haber de imagen: FOTOGRIN/Shutterstock

Antecedentes

Anteriormente, la secuenciación del genoma completo (WGS) se usaba ampliamente para monitorear las variantes del SARS-CoV-2; Sin embargo, requería mucho tiempo y dinero, por lo que su uso en entornos con recursos limitados permaneció restringido.

La vigilancia molecular ha permitido la identificación de casos de coinfección informados esporádicamente en un solo individuo por dos linajes diferentes de SARS-CoV-2. Estos casos presentaron una oportunidad para examinar la recombinación genética viral y la aparición de nuevos linajes de SARS-CoV-2 que pueden causar síntomas clínicos más graves de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19).

Las coinfecciones con linajes de SARS-CoV-2, tanto locales como globales, son bastante relevantes porque la circulación de variantes sigue cambiando y continúan surgiendo nuevas variantes. La aparición de nuevos virus recombinantes, solo posible debido a la coinfección, da como resultado una mayor transmisibilidad o evasión inmune, ya que combina mutaciones ventajosas de variantes distantes. Por lo tanto, la disminución de la prevalencia y la circulación de las variantes del SARS-CoV-2 podría minimizar la formación de linajes recombinantes con mayor aptitud competitiva.

Sin embargo, los estudios que exploran la frecuencia de pacientes coinfectados y su posible papel en la promoción de la evolución del SARS-CoV-2 impulsada por la recombinación son escasos.

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Sobre el estudio

En el estudio actual, los investigadores analizaron 2067 muestras positivas para SARS-CoV-2 recolectadas entre diciembre de 2021 y enero de 2022 en la provincia de Córdoba, Argentina, para la detección de COV.

Realizaron este estudio como parte del programa de vigilancia molecular del gobierno local de la provincia de Córdoba. Utilizaron un panel de mutaciones TaqMan ™ SARS-CoV-2 para detectar las mutaciones L452R y P681R y, según los resultados de la primera ronda de identificación de mutaciones, detectaron las mutaciones P681H, K417N y L452Q.

Utilizaron una reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa multiplex en tiempo real (RT-PCR) para detectar simultáneamente las secuencias de nucleótidos de tipo salvaje (wt) y mutante.

A continuación, realizaron WSG en las muestras que mostraron un perfil de coinfección en la RT-PCR en tiempo real específica de la mutación utilizando la plataforma Illumina y enviaron muestras secuenciadas a la base de datos de la Iniciativa global para compartir datos sobre la influenza aviar (GISAID).

Hallazgos del estudio

De las 2067 muestras analizadas, tres, es decir, solo el 0,1% de los casos de SARS-CoV-2, presentaban perfiles compatibles con coinfecciones. De estos tres, solo un paciente presentó síntomas graves, entre ellos neumonía y disnea. Sin embargo, lo más probable es que se deba a que este paciente no estaba vacunado, tenía más de 60 años y padecía hipertensión arterial. Se necesita más investigación para confirmar las observaciones realizadas en pacientes coinfectados.

Aunque a lo largo de la duración del estudio, la distribución de variantes siguió cambiando, Omicron se detectó a fines de enero de 2022.

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La mutación L452R presentó amplificación para la mutación y las secuencias wt, mientras que la mutación P681H fue positiva para la secuencia mutada y negativa para la secuencia wt. La amplificación de la mutación P681R fue positiva para la secuencia mutada pero negativa para la secuencia wt. Por lo tanto, plantea la posibilidad de otra mutación en esa posición. Finalmente, la mutación K417N, junto con su secuencia wt, se amplificó débilmente en casos de coinfecciones.

La repetición de la extracción de ácido nucleico y las RT-PCR específicas en las muestras de prueba originales para la detección de VOC produjo los mismos resultados.

Había suficiente ácido ribonucleico (ARN) y una carga viral alta en la muestra N° 1 para una mayor investigación vía WGS. La secuencia contenía 29867 nucleótidos, de los cuales el 0,34 % eran mutaciones, en comparación con la secuencia de referencia WIV04. La proporción de lecturas que coincidían con Omicron fue mayor que las lecturas correspondientes a Delta VOC.

Conclusiones

Según los autores, este es el primer estudio que describe casos coinfectados con dos linajes distintos de SARS-CoV-2 en Argentina. Omicron fue identificado por primera vez en la provincia de Córdoba durante los primeros días de diciembre de 2021. Rápidamente se diseminó, acompañado de un aumento en el número de casos, dando lugar a la tercera ola pandémica de COVID-19 en la provincia y toda Argentina.

Aunque rara vez se informa debido a las dificultades para identificarlos, quizás los eventos de coinfección sean bastante comunes durante los períodos de alta circulación viral; Sin embargo, en tales casos, la presencia de uno de los linajes en mayor proporción da como resultado la detección de un solo linaje.

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El estudio destacó la importancia de la vigilancia molecular continua para detectar coinfecciones y recombinaciones virales, especialmente durante una alta circulación viral. También podría ayudar a evaluar casos clínicos relacionados con coinfecciones para explicar la aparición de casos graves.

Sin embargo, al igual que en informes anteriores, los autores del presente estudio detectaron coinfecciones durante la tercera ola de COVID-19 en Argentina, con niveles muy altos de circulación viral.

* Noticia importante

medRxiv publica informes científicos preliminares que no son revisados ​​por pares y, por lo tanto, no deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica o el comportamiento relacionado con la salud ni tratarse como información establecida.

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